Perl находит и заменяет, пишет каждый файл

Ваше меню, показанное выбором, будет похоже:

1) apache
2) named
3) sendmail
Select an option and press Enter: 

В это время Вы входите "1" или "2" или "3": Вы не вводите слово.

Кроме того, select циклично выполнится, пока это не будет видеть a break команда, таким образом, Вы хотите это:

  case $opt in
        "apache")
          date
          break
          ;;
        "named")
          echo "test"
          break
          ;;
        "sendmail")
          echo "test 2"
          break
          ;;
        *) echo "invalid option";;
  esac

Если бы Вы хотели позволить пользователю вводить или номер или слово, то Вы могли записать это:

select opt in "${options[@]}"; do
  case "$opt,$REPLY" in
    apache,*|*,apache)     do_something; break ;;
    named,*|*,named)       do_something; break ;;
    sendmail,*|*,sendmail) do_something; break ;;
  esac
done

Запятая не имеет никакого синтаксического значения, она должна просто там смочь скопировать соответствие на любом переменная $REPLY (который является тем, что пользователь на самом деле ввел), или переменная $opt