Моя рекомендация:
избегать возможных проблем с Plesk установило с MySQL 5.6.4 на том же сервере, было бы лучше установить MySQL 5.6.4, чтобы разделить сервер и затем зарегистрировать его в Вашем экземпляре Plesk как внешний сервер БД.
Такой подход защитит Вас от возможных несовместимостей Plesk с новой версией MySQL, и Вы сможете использовать новую версию MySQL для Вашего приложения.
Я полагаю, что для установки MySQL можно загрузить исходные файлы со стороны поставщика и скомпилировать его, чтобы установить на системе или найти его в части третьей стороны repo.