Простое alias ls="ls | grep -v system"
сделал бы это. Походит на розыгрыш или руткит. Были ли в рамках каталога какие-либо файлы?
В значительной степени любой дистрибутив сделает при установке правильных пакетов. Существует список most-commonly-used дистрибутивов здесь, также можно следовать за Наукой Ubuntu - руководство Биологии.