Если вы используете 5.0.2, эта проблема может быть связана с вашей проблемой.
Вы пробовали перейти на версию 5.0.0?
Проблема в том, что вы включаете hg -git дважды.
hggit =
Рекомендуемый способ
hgext.git =
Является старым способом включения расширения и доступен в mercurial только для обратной совместимости.
Я бы предложил использовать только первый.