Вам необходимо включить функцию перезаписи модуля для работы .hatccess:
a2enmod rewrite
service httpd restart
Предполагая, что у вас настроен доступ по ssh на всех рассматриваемых компьютерах, что-то вроде
while read host; do
ssh "root@$host" shutdown -h now &
done < host-list
должно работать. Если вам нужна возможность настройки, просто поместите список хостов в файл конфигурации -.