APT не будет устанавливать какие-либо пакеты из недавно добавленных REPOS
Есть ли в этих таблицах индексные поля (например, первичный ключ)? Если нет, то добавление индекса должно ускорить работу.
Другой вариант - настроить Mysql так, чтобы он лучше использовал оперативную память. И, возможно, установить больше оперативной памяти на сервере - mysql может действительно летать, когда вы даете ему много памяти, но замедляется, когда недостаток оперативной памяти означает, что у него нет возможности кэшировать ответы на частые запросы, или хранить таблицы и/или индексы полностью в памяти.
Наконец, кэширующий SQL-прокси между Zabbix и Mysql может помочь (ценой периодического получения устаревших данных из кэша) - прошло много лет с тех пор, как я использовал такой прокси, поэтому не могу порекомендовать конкретное программное обеспечение. Попробуйте поискать в гугле mysql proxy cache.
Чтобы установить Docker CE, вам необходимо настроить определение репозитория в соответствии с архитектурой вашей системы:
deb [arch=arm64] https://download.docker.com/linux/debian stretch stable
Microsoft не предоставляет пакеты.NET Core для вашей архитектуры, только для amd64; вам нужно будет загрузить бинарные архивы и следовать инструкциям по их установке вручную.