Как я записываю производительность диска на медленных аппаратных средствах и затем воспроизвожу его к более быстрым аппаратным средствам и сравниваю его?

vfat и ntfs файловая система не содержат информации для представления полномочий файла Unix. Не будет возможно установить некоторые определенные полномочия на файлы и сохранить их.

Возможно установить первоначальные полномочия на определенное значение и использовать это также для создания новых файлов. Это называют umask и поддерживаемый mount команда. Можно также дифференцироваться между файлами и каталогами. Вот некоторые строки man mount:

umask=value
       Set  the  umask  (the  bitmask  of  the permissions that are not
       present). The default is the umask of the current process.   The
       value is given in octal.
dmask=value
       Set  the  umask applied to directories only.  The default is the
       umask of the current process.  The value is given in octal.
fmask=value
       Set the umask applied to regular files only.  The default is the
       umask of the current process.  The value is given in octal.

Используйте это в столбце опции в Вашем /etc/fstab файл, например:

# <file system> <mount point>   <type>  <options>                                                        <dump>  <pass>
/dev/hda1       /mnt/usb      auto    rw,suid,dev,exec,auto,user,async,umask=755      0       1