Следуйте этому практическому руководству: Получение интернет-Ограничивающего iPhone, Работающего в Linux (Никакой джейлбрекинг не включен!)
Если бы библиотеки, которые Вы устанавливаете, специфичны для Вашего приложения и могут конфликтовать с системными библиотеками, установленными затем, я рекомендовал бы настроить структуру как это:
/opt/<app>/<version>/lib
или
/opt/<app-libs>/<version>/lib
Таким образом, можно развернуться по желанию отдельно от других и не влиять на что-либо, чего кто-то еще мог бы потребовать, и можно вынудить приложение посмотреть на те пути, если Вы выбираете.