Как я могу добавить псевдоним для своего pwd в существующий файл?

Я не уверен, является ли это тем, что происходит в Вашем случае, но нажатие, Ctrl+S заморозит tty, не заставляя обновлений произойти, хотя Ваши команды все еще проходят. Для размораживания tty необходимо поразить Ctrl+Q.

Снова, я не полностью уверен, что это - то, что происходит в Вашем случае, но я делаю это случайно достаточно часто, что возможно, что это может влиять на других также.