Как изменить имя хоста в GNUroot debian?

Некоторые идеи:
1.- Вместо многократного вызова cut в каждой строке, воспользуйтесь преимуществами read.
Список переменных cut на ' ' таков:

projectName 1
filepath 2
numbers 3
lang 9
cloneID 10
cloneSubID 11
minToken 12
stride 13
similarity 14

Это можно было бы сделать непосредственно с помощью read вот так:

while read -r projectName filepath numbers a a a a a lang cloneID cloneSubID minToken stride similarity;

более длинная строка, но меньшее время обработки. Переменная a просто заполняет пространство неиспользуемых значений.

2.- Повторная обработка номеров переменных для деления на ':' может быть выполнена следующим образом (ваш вопрос относится к bash):

IFS=':' read -r a linestart length <<<"$numbers"

Что сводит код к:

while read -r projectName filepath numbers a a a a a lang cloneID cloneSubID minToken stride similarity;
do
    IFS=':' read -r a linestart length <<<"$numbers"

    currentLine=$linestart
    endLine=$((linestart + length))

    while [ $currentLine -lt $endLine ]; do
        echo "$projectName, $filepath, $lang, $linestart, $currentLine, $cloneID, $cloneSubID, $minToken, $stride, $similarity"
        currentLine=$((currentLine + 1))
    done
done < $filename >>$outputfile

3.- Что касается второго скрипта, то в нем нет описания того, что такое переменные sub1 и/или sub2.

4.- В общем, если бы вы могли разбить один скрипт на серию более мелких скриптов, то вы могли бы засечь время каждого из них, чтобы найти, где находится область, требующая много времени.

5.- И, как рекомендуют некоторые другие ответы, размещение файла (и всех промежуточных результатов) в разделе памяти ускорит работу при первом чтении файла. Последующие выполнения скрипта будут считываться из кэша в памяти, скрывая любое улучшение. Это руководство должно помочь.