Это хорошая идея для резервного копирования с использованием rsync, squashfs и aufs?

Вы можете использовать для этого таблицу mysql, поскольку вы уже работаете в mysql! Такой таблицы должно быть достаточно -

create table (
    userid varchar(100),
    useremail varchar(100),
    int mailsent default 0
);

Ваша работа создателя будет создавать (или удалять) строки из этой таблицы. Ваша почтовая программа будет извлекать все строки с mailsent, установленным как 0, отправлять почту и устанавливать mailsent как 1.

Однако, если вы действительно, действительно, действительно хотите использовать текстовый файл - вот подход -

1. Предположим, что первый вызов задания cron вашего создателя создает файл следующего вида -

   user1,user1@example.com
   user2,user2@example.com
   user3,user3@example.com
   

2. Теперь в определенное время запускается задача mailer, которая выберет строки из этого файла, содержащие emailid, отправит их получателям и удалит email id в этих строках. (Вы можете использовать perl или sed для этого - будьте осторожны с синхронной записью этого файла от создателя) После этой операции ваш файл станет

   user1
   пользователь2
   пользователь3
   

3. Через некоторое время создатель добавляет еще двух пользователей user4 и user5. Теперь ваш файл становится

   user1
   пользователь2
   пользователь3
   user4,user4@example.com
   user5,user5@example.com
   

4. Когда задача mailer запустится снова, она будет отправлять письма только тем людям, у которых email id указан 0, как в шаге 2.

Существует несколько вариантов работы этой схемы.