Решение найдено, вы должны включить полный путь см. пример
НЕПРАВИЛЬНО!
--- src/bacula.h 2015-08-13 15:52:24 +0200
+++ src/bacula.h 2015-10-05 19:21:09 +0200
ПРАВИЛЬНО!
--- bacula-7.0.5/src/bacula.h 2015-08-13 15:52:24 +0200
+++ bacula-7.0.5/src/bacula.h 2015-10-05 19:21:09 +0200
С первым неполным путем патч работает, но просит каждый раз указать
путь к bacula.h, со вторым правильным,patch -p1 < patchfile
работает нормально
и не спрашивает путь