как распечатать комплементарную цепь из входной цепи

$ echo GTAAGCCGGAAGG | tr 'ATCG' 'TAGC'
CATTCGGCCTTCC

Ver man trpara más detalles.

#!/bin/bash

read -p 'Please enter DNA sequence of template strand: '

compl=$( tr 'ACGT' 'TGCA' <<<"$REPLY" )
revseq=$( rev <<<"$REPLY" )
revcompl=$( rev <<<"$compl" )

printf 'DNA sequence of antisense strand is %s\n' "$compl"
printf 'Reverse DNA sequence is %s\n' "$revseq"
printf 'Reverse-complement DNA sequence is %s\n' "$revcompl"

Es posible que desee echar un vistazo a el sitio de StackExchange Bioinformatics .

readleerá la entrada del usuario (o lo que sea que esté controlando la entrada estándar del script ). Con -pse puede agregar un mensaje de texto o una pregunta. La respuesta del usuario se almacena por defecto en $REPLY.

trcambia los caracteres de un texto de un conjunto a otro. Con <<<"$REPLY"alimentamos la respuesta del usuario a try trcambia todas las apariciones de Aa T, Ca G, etc. El resultado se almacena en la variablecompl(abreviatura de "complemento" ).

reves un comando no estándar -que invierte el texto de una línea. Damos la cadena $REPLYa reva <<<"$REPLY". revtambién se utiliza para calcular la secuencia de complemento inversa -invirtiendo $compl.

Las tres declaraciones printfproducen la salida.

Ejemplo de ejecución:

$ bash script.sh
Please enter DNA sequence of template strand: AAACGTTTG
DNA sequence of antisense strand is TTTGCAAAC
Reverse DNA sequence is GTTTGCAAA
Reverse-complement DNA sequence is CAAACGTTT

Si el ADN se almacena en un archivo con solo ADN en él (, es decir, no un archivo fasta ), y suponiendo que GNU tacesté disponible (que invierte el orden de las líneas en un archivo):

• La secuencia inversa:tac filename | rev
• La secuencia del complemento:tr 'ACGT' 'TGCA' <filename
• La secuencia de complemento inversa -:tr 'ACGT' 'TGCA' <filename | tac | rev