Почему нужно обновлять так много пакетов, когда я указываю только один для apt-get

Это экономит труд и время, когда общий код может быть вынесен в библиотеку. Функции, содержащиеся в библиотеке, можно тестировать независимо от любой клиентской программы и повторно использовать во многих программах без дублирования времени и усилий на разработку.

Таким образом, такие важные вещи, как Python, нередко имеют много зависимостей. Вы увидите множество зависимостей для любой крупной программы, такой как X11, gcc, perl и т. д.

Поскольку от языков программирования можно требовать многого, они нередко зависят от множества библиотек.