Основное различие, которое я вижу, заключается в том, что Ubuntu принадлежит компании canonical. Есть несколько платных разработчиков, отвечающих за упаковку некоторых программ, в то время как linux mint поддерживается сообществом. Как всегда, проекты, основанные на сообществе, менее подвержены плохому направлению, которое может взять на себя компания...
Я совершил ту же ошибку и тоже искал ответ на этот вопрос. Я не нашел способа изменить базовое поведение rsync так, как вы описали. Я обхожу это, создавая уникальный файл в папке с исходным кодом, прежде чем выполнять пробный прогон -. Если я вижу этот файл в журнале rsync, помеченный для удаления, я знаю, что что-то не так.