vim: как передать такую ​​команду по конвейеру?

Для этого хорошо подходит Ruby:

ruby -e '
  ARGV.each do |filename|
    data = File.read(filename).strip.split(",")
    groups = data.group_by {|n| n}
    groups.each_pair do |n, nums|
      # you don't really say what your input filenames look like
      # I will assume they end with ".txt"
      f = filename.sub(/\.txt$/, "#{n}.txt")
      File.write(f, nums.join(" ") + "\n"}
    end
  end
' fileA.txt fileB.txt ...