Вам не обязательно нужна целостность уровня ОС для приложения, которое Вы описываете - Вы могли просто использовать Запись Однажды Чтение, которым Многие управляют (WORM), который физически не позволит никакому файлу быть удаленным/перезаписанным.
Поочередно, можно купить машины с TPM для не слишком много денег (еще больше, чем покупка накопителя WORM)
Или используйте растяжку в сочетании с chrooted средой.
vpnc взламывает/etc/resolv.conf. Вот несколько ссылок, которые занимаются этой проблемой:
Вы могли бы также смочь решить это проблемы с resolvconf пакетом.
Едва ли, потому что разрешение через DNS Вашего ISP не "перестанет работать". Это не возвратит "результата", который не является отказом. Это должно технически возможно установить замысловатую ситуацию на Вашем ПК, где Вы могли направить различные запросы к различным серверам DNS на основе того, какой домен Вы связываете с поиском; но я высоко отговорил бы от выполнения чего-то как этот, поскольку оно, вероятно, вызовет больше проблем, чем это стоит.