как синхронизировать несколько фоновых процессов

Квота применяется ко всей файловой системе, поэтому, вероятно, у пользователя есть файлы где-то за пределами его / ее домашнего каталога. Например, есть ли где-нибудь общие репозитории git или почтовый ящик в той же файловой системе?

Кроме того, вы не очень много говорите о типе файловой системы. Некоторые более причудливые файловые системы (например, в окне netapp) поддерживают ежедневные или ежечасные снимки состояния в соответствии с настройками системного администратора, поэтому вам придется подождать, пока срок их действия истечет.