Вы можете попробовать написать сценарий bash, который можно использовать для загрузки виртуального бокса, и сделать так, чтобы при запуске сценария он возвращал LWIN к значениям по умолчанию, чтобы не возникало проблем с передачей кода клавиатуры. Затем вы можете использовать xmodmap на самой виртуальной машине, если вам это нужно.
Если мое решение не сработает, я бы порекомендовал вам взглянуть на следующие две темы. У парня там была похожая проблема, и я думаю, ты сможешь ею воспользоваться. Думаю, это может быть лучшее решение по сравнению с моим. Удачи!