Похоже, vimtex
добавляет свою собственную подсветку. Я отключил фон для них:
highlight texMathMatcher ctermbg=none
highlight texMathZoneX ctermbg=none
highlight texRefLabel ctermbg=none
highlight texStatement ctermbg=none
Не стесняйтесь, дайте мне знать, если есть более элегантное решение.