Я подозреваю, что решение не будет найдено с помощью VNC; Я думаю, что VNC будет предоставлять вам только одно окно за раз.
Может быть, рассмотреть возможность использования X-агента на вашем клиентском хосте и перенести отображение обратно на ваш клиент через xdmcp и переменную DISPLAY? Не уверен, что и там вы добьетесь успеха, но подозреваю, что шансы выше. Удачи!