вы можете добавить команду постпроцесса, чтобы стереть созданные пустые каталоги.
wget -np -nH --cut-dirs=X -c -N -r -l 0 \
-I /dir1,/dir2,...,/some_dir -A acclist \
http://hostname/X_sub_directories/ \
&& find -depth -type d -empty -exec rmdir {} \;