Вы можете сделать это в Bash, как
for folder in /target_folder/*/
do
folder=${folder%/}
if ! grep -qx "${folder##*/}" folders_list.txt
then
rm -rf "$folder"
fi
done
Из того, что вы написали, я рекомендую набрать:
sudo apt-get purge wine
и нажать tab, чтобы получить автозаполнение для версии (я бы определенно очистил, а не удалил в этом случае). Затем сделайте:
sudo apt-get --purge autoremove
Затем переустановите любую стабильную версию wine в вашем дистрибутиве. Надеюсь, когда вы попробуете снова, вы сможете увидеть окно конфигурации.