Просто мысль:
Удачи!
perl -p -i -e 's/{\\color{red}(.*)}/\1/g' filename
объяснение флагов(с https://stackoverflow.com/a/6302045/330830):
-p: Размещает цикл печати вокруг команды так, чтобы она действовала на каждой строке стандартного входа. Используется в основном для того, чтобы Perl мог отбить брюки у awk. с точки зрения мощи и простоты :-)
-e: Позволяет предоставить программу в качестве аргумента, а не в файле. Вам не нужно создавать файл скрипта для каждой мелочи. Перл-однолинейный.
-i: Изменение входного файла на месте (создание резервной копии оригинала). Удобно изменять файлы без {копии, удалять-оригинал, процесс переименования.
Попробуйте:
$ echo "{\color{red} MODIFIED TEXT OR EQUATION GOES HERE.}" | \
perl -pe 's/\{\\color\{red\} (.*?)\}/$1/g'
MODIFIED TEXT OR EQUATION GOES HERE.