make install
перезапишет существующие файлы тем же именем. Кроме этого, это не удалит существующие файлы. GNU coreutils и GNU findutils предназначаются, чтобы использоваться и устанавливаться друг вместе с другом, таким образом, у них нет различных файлов тем же именем. Поэтому при установке их один за другим Вы получите обоих.
Ошибка можно игнорировать. Это связано с тем, что виртуальный процессор считает, что он пропустил некоторое время, то есть заблокирован, в то время как на самом деле он был приостановлен и не могло быть запланировано, одновременно запланирован.
Что касается нагрузки, это нормально, читает несколько GB данных в ОЗУ, отображение ОЗУ к компенсации страницы VM принимает нагрузку на операции CPU и диска.