Так как Вы говорите о "после входа в систему", я предполагаю, что Вы имеете в виду графическую настольную среду. Таким образом, после входа в систему, как запустить JAVA-приложение?
Это зависит от настольной среды, которую Вы используете, лично, я использую XFCE, но я много лет был пользователем Gnome. Gnome имеет менеджер сеансов, который Вы могли использовать для запущения программы после входа в систему, я предлагаю, чтобы Вы изучили это.
Эта статья описывает, как сделать это вполне хорошо.
Если Вы используете KDE, или что-то еще, просто гугля или с помощью справки обычно достаточно.
На XFCE это называют "Сессией и Запуском".