Нет никакой конкретной причины иметь значение между GUI и командами CLI.
/usr/bin
принадлежит операционной системе так, даже в то время как ничто не предотвращает Вас, как корень, чтобы сделать это, Вы ничего не должны помещать здесь. Этот каталог является для людей распределительным программным обеспечением, интегрированным с ОС и правильно обрабатывающий/избегающий конфликты имен.
/usr/local/bin
общий каталог для локально созданного программного обеспечения. Если можно записать здесь, можно просто использовать этот каталог.
/opt/<name>/bin
для программного обеспечения, не принадлежащего ОС. Это - хорошее местоположение для общего программного обеспечения.
Ваш корневой каталог принадлежит Вам так, Вы свободны поместить что-либо, что Вы любите где угодно под ним, но это не лучшее расположение, если другие люди должны запустить Вашу программу.
Компьютер переходит к экрану блокировки и затем замерзает до такой степени, когда, мышь не переместится
Это подразумевает, что что-то в пространстве ядра вышло из строя на пробуждении; это - занятое цикличное выполнение процессор. Я не знаю точно, каков Монетный двор, регистрирующий конфигурацию, но регистрация /var/log/syslog
(или безотносительно) после того, как Вы вынуждены перезагрузить. Прокрутите назад к последним сообщениям до перезагрузки и отправьте немного, что Вы находите. Если нет ничего очевидного, ищите журнал "hangcheck".