Со страницы руководства:
-y
--symlinks
Для UNIX и VMS (версии 8.3 и выше )хранить символические ссылки как таковые в zip-архиве вместо сжатия и сохранения файла, на который ссылается ссылка. Это позволяет избежать включения нескольких копий файлов в архив, поскольку zip рекурсивно повторяет деревья каталогов и обращается к файлам напрямую и по ссылкам.
Пришлось изменить владельца файла сертификата на ec2 -пользователя :root, чтобы процесс получил доступ к файлу сертификата. Это решило проблему. Огромное спасибо Роайме.