#!/bin/bash
if [ ! -d "$1" ]; then
printf 'Not a directory: %s\n' "$1" >&2
exit 1
fi
find "$1" -type f -name "*.fastq" -print
Это небольшой скрипт, который просто перечисляет файлы fastq в заданном каталоге.
Если вы хотите выполнить команду для каждого файла, самым простым способом было бы изменить find
на
find "$1" -type f -name "*.fastq" -exec utility {} ';'
Где utility
— это некоторая программа, которая использует путь fastq в командной строке ({}
будет заменено на путь к файлу fastq).
Вы должны использовать replace в vim для замены определенного совпадения.
В этом случае используйте этот петтернский матч.
:%s/<matching_pattern>/<replace_string>/g
Это сопоставит все элементы в файле с указанной заменяющей строкой.
Думаю, вам понадобится что-то вроде этого:
: let i = 1 | g / ^ AAA [0-9] \ + / s // \ = 'AAA'.i / | let i = i + 1
Вы можете прочитать о «Заменить возрастающими числами»