cp -fR folder1/ folder2/
флаг -f заставляет файл назначения быть удаленным, если его невозможно открыть
см. справочную страницу для cp
Кроме того, другим вариантом может быть использование rsync, см. этот ответ, например :
мне удалось заставить его работать с: https://github.com/BlueDragonX/xf86-input-mtrack/issues / 81 # issuecomment-129102607 , но только щелчком двумя пальцами: |