Удалите дублированные пакеты Java

@dupes в apt: очистите ваши /etc/apt/sources.list и /etc/apt/sources.list. d

@duplicate java: сделайте aptitude search openjdk | grep "i " и aptitude search java | grep "i " и apt-get delete каждый пакет, который принадлежит jre/jdk (openjdk, Oracle's Java и т.п.)

С eclipse должно быть достаточно использовать версию java, включенную в ваш дистрибутив.