Переименовать команда может переименовать файлы с помощью регулярных выражений, который делает ее очень мощной. В Вашем случае Вы могли сделать
rename 's/(.*)/Unix_$1/' *.txt
Можно сделать
if [[ ! $1 =~ $instanceNameRegex && ! $1 =~ $secondInstanceNameRegex ]]; then
Я использовал бы вместо этого:
if [[ ! ( $1 =~ $instanceNameRegex || $1 =~ $secondInstanceNameRegex ) ]]; then
Это могло бы работать на Вас:
if [[ ! $1 =~ "${instanceNameRegex}|${secondInstanceNameRegex}" ]]; then