Вероятно, apt
или что-то вдоль тех строк могло обновить его. Я не знаком с диспетчером пакетов на CentOS.
Я выполнил систему Slackware в течение 8 лет с помощью ReiserFS v3 в качестве основной файловой системы. Я не думаю, что у меня когда-либо была проблема до диска, запущенного, имея аппаратные проблемы. Я посмотрел на Ваши сообщения, и хотя проблема, кажется, возникает из кода файловой системы, также похоже, что сообщения ext3 смешаны там.
Лично, я подозревал бы разлагающийся диск, особенно когда Вы говорите, что "я выполнял эту систему в течение многих лет". Диски являются сложными механически и в электронном виде. Они действительно разлагаются странными и непредсказуемыми способами.