В соответствии с модифицирующими датами у вас может быть некоторое выполнение процессов, которое снова создает файлы, а Dirs вы просто удалили.
Я не знаю, какую операционную систему и интерпретатор вы используете, но это работает на Debian/Bash:
for file in *.htm; do
tr "\044" "\n" < $file > $file.1;
done