Что я не должен копировать?
Необходимо всегда использовать shutdown.
Можно добавить это к Вашему ~/.bashrc файл:
PROMPT_COMMAND='history -a'
Это добавит историю в оперативной памяти в Ваш файл истории после того, как каждая команда будет завершена.
Если в сомнении, создайте резервную копию всего, что это находится на диске.
Самыми очевидными вещами можно пропустить резервное копирование, является подкачка и /tmp (который уже может быть в виртуальной памяти).
Если Вы хотите оставить резервное свободное место, за счет более медленного восстановления, можно опустить /usr, кроме /usr/local. Для восстановления сделайте минимальную установку системы, установите пакеты, которые Вы установили (это зависимо от распределения), затем восстановитесь с резервного копирования.
Существуют остатки в /var то, что Вы не должны создавать резервную копию. В частности, что-либо в /var/cache предназначен, чтобы быть повторно созданным по требованию. Существует одно исключение: /var/cache/debconf/config.dat и /var/cache/debconf/passwords.dat в находящихся в dpkg системах содержит данные конфигурации пакета Debian, вводимые администратором (это неуместно под /var/cache).
Файловые системы в оперативной памяти и временные файловые системы могут обычно пропускаться. /proc, /sys, /dev и т.д.