Я думаю, что вы ищете зеркальный вариант для Wget, -m.
wget -m http://www.example.com/
Это ошибка оболочки, а не sed - ваши котировки должны быть процитированы:
sed "s/;\"/';\"/g"
Или даже
sed s/';"'/"'"';"'/g
если вам не нравятся обратные слеши...
С GNU sed:
sed -i.bak 's/;"/\x27&/g' file
POSIX sed:
sed -e "s/;\"/'&/g" < file > file.out