В основном, прикладные программы определяют, нужен ли root-доступ. Обычно это делается одним из двух способов: (1) явная проверка в кодировке, или (2) использование файлов, каталогов или других специальных файлов, которые требуют root-доступа и в противном случае не будут работать.
Центрального контроля над этим вообще нет.
Отвечая на свой вопрос:
Переход с i386 на amd64, похоже, решил проблему (а также проблему зависания установки портов). Изначально я не использовал amd64, потому что у меня нет процессора AMD, но теперь я вижу из документации, что amd64 можно использовать и с некоторыми процессорами Intel, включая тот, который у меня есть.