Как знать, какие пакеты я пропускаю?

Некоторые, наверное. Некоторые могут и не быть.

Если вы проверите ps fxa, то увидите, что многие из них являются детьми [kthreadd] и имеют имена также в скобках. В основном их можно игнорировать (они являются частью ядра Linux).

Кроме них, вам придётся исследовать каждого по отдельности. Некоторые (например, init) критичны. Другие критичны в зависимости от того, как вы используете сервер (sshd, apache2/httpd и т.д.). Другие нужны только в том случае, если Вы или Ваш код используете эту функцию (например, atd).

Убийство их, как правило, не является способом борьбы с ними. Вместо этого, Вы захотите отключить их, начиная с самого начала (или удалить их полностью). Как это сделать, зависит от того, на каком дистрибутиве запущен ваш vserver.