Почему “Выяснение все остается процессами для завершения” сбоя во время завершения работы?

Удаление пакетов в Linux может оставить после себя конфигурационные файлы. Это не должно быть заметно при обычном использовании, если только вы не переустановите тот же самый пакет, который вы удалили: конфигурационные файлы обычно небольшие и не используются никаким другим пакетом, кроме того, который вы установили. Обычно в менеджере пакетов есть возможность удалить конфигурационные файлы при удалении пакета. В debian/ubuntu вы можете использовать переключатель --purge в apt-get remove, в Fedora/red hat/centos вам не нужен специальный переключатель - конфигурация удаляется автоматически при удалении пакета.

Наиболее заметным эффектом установки и удаления пакета, вероятно, является просто ношение маленького диска.

Это не относится к программному обеспечению, устанавливаемому другими способами, кроме официального менеджера пакетов, например, бинарные проприетарные пакеты и пакеты, скомпилированные вручную.