Слияние нескольких строк в единственную с помощью awk

вот один подход:

$ awk '$2!=old && NR>1 {for (i=1;i<=NF;i++) printf a[old","i]" "; print"";} {old=$2;for (i=1;i<=NF;i++) {if (a[$2","i]=="." ||  a[$2","i]=="") a[$2","i]= $i}} END{for (i=1;i<=NF;i++) printf a[old","i]" "; print"";}' file 
chr1 45162 A . C T 
chr1 45257 A . . T 
chr1 45413 A . . T 
chr1 46844 A . C . 
chr1 72434 A G . . 
chr1 72515 A . C T 
chr1 77689 A G . . 

Как он работает

• $ 2! = Old && NR> 1 {для (i = 1; I <= NF; i ++) printf [старый "," я] ""; Печать «»;}

  После первой строки, на каждый раз, когда мы столкнулись с новым значением для второго столбца, распечатайте результаты предыдущего значения.

• старый = $ 2; для (i = 1; i <= nf; i ++) {если (a [$ 2 "," I] == ".« || A [$ 2 »,« I] == » ) А [$ 2 "," I] = $ i}

  Обновите массив A со значением из текущей строки.

  GNU awk имеет хорошие 2-D массивы. Для совместимости, однако, я использую POSIX-совместимую замену.

• Конец {для (i = 1; i <= nf; i ++) printf [старый "," я] ""; Печать «»;}

  После последней строки распечатайте информацию для последнего раздела.

Еще один вариант для несортированных строк:

awk '{
k[$2]=$1;
for(i=3;i<7;i++){
  if(l[$2,i]=="." || l[$2,i]=="")
    l[$2,i]=$i;
  }
}
END{
for(n in k){
  printf("%s %s ",k[n],n);
  for(m=3;m<7;m++)
    printf("%s ", l[n,m]);
  print "";
  }
 }' file

Краткое объяснение:

Просматривая файловые скрипты делаем два assotiative массива: k с полем#2 в качестве индекса и l с индексом полем#2,Next_fields_number. После передачи всех строк в файле скрипт начинает два цикла для вывода 1-го массива + поля из 2-х.

A Perl Решение:

$ perl -anle '
  for (2..$#F) {
    $h{join(" ",@F[0..1])}->{$_} ||= $F[$_];
    $h{join(" ",@F[0..1])}->{$_} = $F[$_] if $F[$_] ne ".";
  }
  END { print "$_ @{$h{$_}}{sort keys %{$h{$_}}}" for sort keys %h }
' file
chr1 45162 A . C T
chr1 45257 A . . T
chr1 45413 A . . T
chr1 46844 A . C .
chr1 72434 A G . .
chr1 72515 A . C T
chr1 77689 A G . .