добавление ПУТЕЙ для набора программ
Эти два файла на самом деле являются жесткими ссылками на мой ящик Debian, но я не знаю, является ли это стандартным.
Объяснение
- Со страницы [116109]cron(8)[116110]:
- При выполнении команд любой вывод отправляется по почте владельцу команды кронтаб (или пользователю, названному в переменной окружения MAILTO в параметре crontab, если таковой существует).
Когда вы запускаете его как Perl Variant_effect_Predictor.pl Вы говорите Perl исполняемый файл, который называется скриптом VARIANT_EFFECT_PREDICTOR.PL находится в текущем каталоге и запустить его.
Если это исполняемый файл ( chmod + x /users/pics/desktop/mydocuments/programms/ensembl-tools-relase-78/scripts/varist_effect_predictor/variant_effect_predictor.pl) И внутренняя часть скрипта начинается С Shebang (" #! / usr / bin / perl " или аналогично на первой строке) Вы должны быть в состоянии покинуть Perl от начала команды, которая будет Тогда причина Bash для поиска $ PATH , который вы хотите.
Как уже писал Bracchley, вы можете оставить часть «Perl» вашей команды, если ваш сценарий Perl исполняется и имеет правую линию Shebang.
В качестве альтернативы вы можете использовать опцию командной строки --s для Perl, чтобы позволить ему найти variant_effect_predictor.pl на вашем пути:
-S
делает Perl Используйте переменную среды пути для поиска программы Если имя программы не содержит сепараторы пути.
Таким образом, ваша командная строка начнется так:
perl -S variant_effect_predictor.pl -custom C0066PH1.H3...
Для правильной настройки Вашего окружения Вы должны использовать .bashrc, а не .profile
Если у Вас есть файл .bashrc (большинство современных дистрибутивов сейчас используют .bashrc по умолчанию), то, скорее всего, в файле .profile есть утверждение IF, которое проверит существование файла .bashrc и не будет обрабатывать файл .profile дальше, когда файл .bashrc будет найден.
Содержимое типичного файла .profile с идентификатором IF "check for .bashrc"
вырезается из файла .profile...
# if running bash
if [ -n "$BASH_VERSION" ]; then
# include .bashrc if it exists
if [ -f "$HOME/.bashrc" ]; then
. "$HOME/.bashrc"
fi
fi
В файле .bashrc добавьте эту строку для добавления дополнительных записей в переменную PATH
$ PATH="$PATH:user_path_1:user_path_2:user_path_3"
$PATH сохранит существующую переменную пути, а для добавления других путей просто используйте двоеточие [:] перед каждым дополнительным путем.
Или же вы можете использовать несколько .bashrc-файлов, чтобы подогнать их под любое окружение, которое вам нужно. Просто создайте файл и назовите его другим именем .bash_other_rc, а затем вызовите его из командной строки так....
$ bash -f .bash_other_rc
Это запустит сессию bash с переменными, псевдонимами и т.д., которые вам понадобятся для этой сессии.