Я думаю, что ваш системный python по умолчанию - Python3.x, наберите
$ which python
$ which guake
/usr/bin/guake
и измените #! /usr/bin/python
в /usr/bin/guake
на #! /usr/bin/python2.7
. Обратите внимание, что guake может быть запущен только на Python2.x, а pygtk поддерживает только Python2.x.