Необходимо использовать подоболочку для обработки перенаправления IO:
find . -type f | xargs -iFILES sh -c 'md5sum FILES > FILES.md5'
Это является ненужным. Те инструкции могли быть сокращены до:
tar -xvzf /usr/src/web100-2.5.22-200810130047.tar.gz
patch -p1 --dry-run < web100/ web100-2.6.27-2.5.22-200810130047.patch