Как я просматриваю файлы как древовидную структуру?

Что-то вроде этого:

sed 's/<\/VirtualHost>/yourlinehere\n<\/VirtualHost>/'

работы. Если Вы хотите повторить эту команду на большом количестве файла, можно сделать что-то как:

for i in *; do sed -i 's/<\/VirtualHost>/yourlinehere\n<\/VirtualHost>/' "$i"; done

Вероятно, лучше (но непротестированный) благодаря @ChrisDown:

find . -type f -print0 | while IFS= read -r -d '' filename;\
do sed -i 's/<\/VirtualHost>/yourlinehere\n<\/VirtualHost>/' $filename;\ 
done