Как получить процент использования ЦП как Счетчик?

Существует несколько вещей неправильно здесь. Во-первых, Вы работаете /bin/sh когда Вы на самом деле хотите работать /bin/bash.

Теперь, часть Вашего сценария, который проверяет на скрытые файлы,

elif [[ -f $file &&  "$file" == ^. ]]; then

Если Вы запускаете свой скрипт как foo.sh /home/foo, каждый $file начнется /home/foo таким образом, даже скрытые файлы не начнутся с точек. Кроме того, Вы не можете использовать ^ с ==, это соответствует началу так или иначе (см. здесь).

Так или иначе рабочая реализация Вашего сценария была бы

#!/usr/bin/env bash
shopt -s dotglob
directoryCounter=0
fileCounter=0
hiddenDirectoryCounter=0
hiddenFileCounter=0
listAllFiles() 
  {
   local dir=$1
   local file
   local bn="$(basename -- "$dir")"


   for file in "$dir"/*; do
       ## Use ..* so you don't count the current dir (.) as hidden
       if [[ $bn == .?* ]]; then
        let hiddenDirectoryCounter+=1
        listAllFiles "$file"
       ## Match only the filename, not the whole path      
       elif [[ -f $file &&  "$(basename "$file")" == .* ]]; then
        let hiddenFileCounter+=1
       elif [[ -f "$file" ]];then
        let fileCounter+=1
       elif [[ -d "$file" ]]; then
        listAllFiles "$file"
        let directoryCounter+=1
       fi
  done
} 
listAllFiles $1
echo File found: $fileCounter
echo Directories found: $directoryCounter
echo Hidden directories found: $hiddenDirectoryCounter
echo Hidden files found: $hiddenFileCounter

Однако это не очень хороший способ сделать его, Вы не можете иметь дело больше чем с одним каталогом, как введено, что еще более важно, Вы только проверяете если $bn скрытый каталог, никогда $file что означает, что Вы никогда не будете находить больше чем один скрытый каталог, и Вы делаете его излишне сложным. Вы могли значительно упростить при помощи globstar. Я записал бы это как так:

#!/usr/bin/env bash
shopt -s dotglob

## globstar causes ** to match all files and directories
## recursively.
shopt -s globstar 

for dir in "$@"; do
    for file in "$dir"/**; do
      if [[ -f $file &&  "$(basename "$file")" == .* ]]; then
         let hiddenFileCounter+=1
      elif [[ -d $file &&  "$(basename "$file")" == .?* ]]; then
         let hiddenDirectoryCounter+=1
      elif [[ -f $file ]] ; then
         let fileCounter+=1
      elif [[ -d $file ]] ; then
         let directoryCounter+=1
      fi
    done
done

echo Files found: $fileCounter
echo Directories found: $directoryCounter
echo Hidden directories found: $hiddenDirectoryCounter
echo Hidden files found: $hiddenFileCounter