автоматически заполните названные каталоги

Или, Вы можете иметь sh заботьтесь о нем для Вас:

 #!/bin/sh
 exec perl -x "$0" "$@"

 #!/usr/bin/perl
 ...

Да, это sh и Perl все в одном файле.

От man perlrun:

- x
говорит Perl, что программа встраивается в больший блок несвязанного текста, такой как в сообщении электронной почты. Ведущий мусор будет отброшен до первой строки, которая запускается с "#!" и содержит строку "perl". Будут применены любые значимые переключатели на той строке.

Этот подход только принимает путь sh (который должен быть тем же на любой совместимой POSIX ОС), и что неинтерактивный экземпляр sh имеет perl где-нибудь в PATH.

Что касается обеспечения сценария имеет исполняемый набор битов, можно всегда распределять его как tarball и иметь пользователей "щелчок правой кнопкой, извлечение здесь" из GUI. Если бы tarball содержал сценарий с исполняемым набором битов, то извлеченный сценарий должен иметь исполняемый набор битов.