Вопросы Теги

Чтение двух списков, содержащих имена файлов

Я верю, когда Вы находитесь в vim и Вы используете :!some_command это использует любую оболочку, определяется переменной среды $SHELL.

Это настраивается, таким образом, Вы могли измениться путем переопределения $SHELL поведение в Вашем $HOME/.vimrc файл для использования zsh вместо этого.

:set shell
shell=/bin/bash
:set shell=zsh\ -i

Или в Вашем .vimrc использование 1 из этих 2 строк

 set shell=/bin/bash\ -i
 set shell=/bin/zsh\ -i

Справка Vim

Посмотрите :help shell из vim для большего количества информации.

:!{cmd}                 Execute {cmd} with the shell.  See also the 'shell'
                        and 'shelltype' option.
                        Any '!' in {cmd} is replaced with the previous
                        external command (see also 'cpoptions').  But not when
                        there is a backslash before the '!', then that
                        backslash is removed.  Example: ":!ls" followed by
                        ":!echo ! \! \\!" executes "echo ls ! \!".
                        After the command has been executed, the timestamp of
                        the current file is checked timestamp.
2
04.12.2014, 03:05
1 ответ

Вы не говорите $reads_list Параллели GNU и $reads_list2. Таким образом, я озадачен, как вы ожидали бы, что Параллель GNU предположит, что должна использовать их.

rsyncing параллельно, когда мы идем (вместо всего прежде, чем выполнить первое задание) это могло бы быть быстрее, также. Мое предположение - то, что это достаточно: 

parallel -j $NSLOTS --xapply \
  "rsync {1} $TMPDIR/input/{1};\
  rsync {2} $TMPDIR/input2/{2};\
  STAR \
  --genomeDir $TMPDIR/reference_genome \
  --genomeLoad LoadAndKeep \
  --runThreadN 4 \
  --readFilesIn ../input/{1} ../input2/{2}" :::: $reads_list $reads_list2

Считают обход через учебное руководство http://www.gnu.org/software/parallel/parallel_tutorial.html , который покрывает это и т.д. Ваша командная строка будет любить вас за него.

4
27.01.2020, 22:00

Теги

Похожие вопросы