Смотрите на этот поток, это, кажется, та же проблема, с которой Вы сталкиваетесь. Поток назван: CentOS 6.0, php-mcrypt. Я понимаю, что этот поток обсуждает CentOS 6, и Вы используете 5.6, но проблемой является все еще то же.
Для разрешения этого, необходимо будет добавить репозиторий об/мин Remi и затем установить php55 пакеты оттуда. Это должно разрешить Вашу проблему.
php55-mcrypt
Используйте соответствующие пакеты PHP из этого репозитория вместо этого!