Проблемой является пространство в Вашем присвоении. Оболочка чувствительна к пробелу. Ваша команда является эквивалентом:
var="" "./gen.4.bt2 ./gen.rev.1.bt2 ./gen.rev.2.bt2 ./gen.1.bt2 ./gen.3.bt2 ./gen.2.bt2" # output of find
Необходимо удалить пространство:
var="$(find . -name 'gen*.bt2')"
Трудно судить только по выводам gcc, пожалуйста, добавьте командную строку вызова компиляции. Как правило, разработчики добавляют переключатель командной строки -Werror gcc чтобы предотвратить успешную сборку, когда во время компиляции срабатывают какие-либо предупреждения, а «[-Werror = date-time]» - это просто имя сработавшего предупреждения, а не переключатель, который вы должны найти и изменить.
Попробуйте сначала отключить -Werror, удалив его из CFLAGS или рекурсивно нажав grep в исходном каталоге: fgrep -lr - -Werror.
, затем удаляя его из каждого найденного файла.