О мадам и vmem
Задержки как это часто вызываются обратными поисками DNS (т.е. разрешение IP-адреса к имени хоста).
Вам включали HostNameLookups в апачской конфигурации? Если так, выключите его.
См. также https://serverfault.com/questions/100225/apache-httpd-wont-stop-doing-reverse-dns-requests-for-clients-ips для других подсказок относительно отключения разрешения сетевых имен в апаче.
Просто чтобы убрать это из списка открытых вопросов и дать упрощенный ответ (комментарий goldilocks выше и документация qstat предполагают более глубокое знакомство с системами):
Ответ зависит от того, что именно вы подразумеваете под "реальным объемом используемой памяти" (и далее в вашем ответе на комментарий: "используемое пространство RAM").
"mem" - это то, сколько оперативной памяти машины было использовано вашим заданием, точнее, наблюдаемое пиковое использование. Это не обязательно реальное пиковое использование, поскольку система мониторинга заданий на вашем кластере может проверять использование только время от времени. Возможно, ваше задание пытается использовать гораздо больше памяти, чем указано в данном отчете, но система не предоставляет заданию больше памяти, например, потому что нет больше памяти или другие задания, выполняющиеся на той же машине, конкурируют за память. Кроме того, кэш файловой системы может быть конкурентом за оперативную память при интенсивной файловой активности (I/O).
"vmem" - это величина, связанная с тем, как современные процессоры управляют памятью. Опять же, это пиковое значение. Это число может включать в себя различные вещи, к которым процессы могут получить доступ, такие как файлы, отображаемые на память, и пространство подкачки. Оно включает пространство, которое процесс выделил, но никогда не использовал, и поэтому может быть довольно большим. Если число низкое, это позволяет сделать вывод, что проблема не в памяти, но если оно высокое, вы не знаете и должны провести дальнейшее расследование. Некоторые приложения выделяют много виртуальной памяти, даже если им нужна только часть.